西暦2205年。歴史の改変を目論む「歴史修正主義者れきししゅうせいしゅぎしゃ」によって過去への攻撃が始まった。
時の政府は「審神者さにわ」なるものたちに歴史の守護を命じる。
その審神者の物の心を励起れいきする力によって生み出された「刀剣男士とうけんだんし」たちは、さだめられた歴史を守る戦いへと身を投じるのだった。

主からの命を受け、ある時代の先行調査任務に就いた山姥切長義と日光一文字。
向かった先は昭和二十年のとある大学。山姥切長義と日光一文字はそこで、時間遡行軍に命を狙われている男と接触する。男の名は鎌田魚妙。刀剣愛好家だった父により、江戸時代の刀剣学者にちなんだ名を授かったと語る魚妙は、自らも刀剣学者となり古今東西の刀剣を研究していた。彼の目利きは、突如目の前に現れた山姥切長義たちが人ではなく刀剣であることを見抜くほどのものであった。
驚く山姥切長義たちを相手に、刀剣への愛を語りだす魚妙。だが終戦直後の日本は武器となる刀剣類の引き渡しを余儀なくされていた。
日本の歴史とともにあり続けた刀剣の存在が、歴史から葬り去られようとしている。魚妙は大学の資料室に籠り、刀剣にまつわる数々の逸話を編纂して後世に残そうと尽力していたのだ。
膨大な資料に目を通しながら、本丸の仲間たちに想いを馳せていく山姥切長義と日光一文字。

大典太光世とソハヤノツルキにまつわる死の物語。
北谷菜切と笹貫にまつわる流れゆく時間の物語。
小烏丸と七星剣にまつわる生の物語。

刀剣たちの歴史を守り、伝えていきたいと願う魚妙。その魚妙の命を狙う時間遡行軍。山姥切長義と日光一文字は、果たして刀剣の歴史を守ることができるのか──。